Com o dinheiro obtido, investiu na chamada Operação Periferia, com o objetivo de criar centros comunitários nos bairros mais afastados da cidade. O plano era consolidar as bases do trabalho pastoral dirigido aos mais pobres.
No mesmo ano, no auge do regime militar, promoveu a Semana dos Direitos Humanos. Para que ela fosse divulgada, distribuiu 150 mil folhetos e fez a divulgação pela Rádio Nove de Julho, que pertencia à Arquidiocese de São Paulo. Foi o suficiente para que a concessão fosse cancelada pelo governo.
Dentro da igreja católica, dom Paulo atuou na criação da Comissão Justiça e Paz de São Paulo e incentivou as pastorais Operária e da Moradia. Com o apoio da irmã, Zilda Arns, que morreu no Haiti, durante o terremoto de 2010, criou também a pastoral da Infância.
Dom Paulo foi substituído por dom Cláudio Hummes em abril de 1998, aos 76 anos. Durante os 28 anos em que esteve à frente da Igreja Católica em São Paulo, foram criadas 43 paróquias e 1,2 mil centros comunitários. No período também foram implantadas mais de 2 mil Comunidades Eclesiais de Base na periferia da metrópole.
