De acordo com o jornal Folha de S. Paulo, uma das ideias em estudo é acabar com a fundação e alocar sua estrutura dentro do ministério, reduzindo sua força política. Outra possibilidade seria transferi-la para o novo Ministério do Desenvolvimento Regional, destinando a outros programas o dinheiro que hoje financia o órgão.
Com orçamento anual de R$ 3,4 bilhões e escritórios em todos os estados, a Funasa investe em obras de saneamento básico boa parte dos recursos reservados no Orçamento da União para emendas de parlamentares e projetos na área de saúde.
